Main function to compute differential causal effects and the pathway enrichment
dce(
graph,
df_expr_wt,
df_expr_mt,
solver = "lm",
solver_args = list(),
adjustment_type = "parents",
effect_type = "total",
p_method = "hmp",
test = "wald",
lib_size = FALSE,
deconfounding = FALSE,
conservative = FALSE,
log_level = logger::INFO
)
# S4 method for igraph
dce(
graph,
df_expr_wt,
df_expr_mt,
solver = "lm",
solver_args = list(),
adjustment_type = "parents",
effect_type = "total",
p_method = "hmp",
test = "wald",
lib_size = FALSE,
deconfounding = FALSE,
conservative = FALSE,
log_level = logger::INFO
)
# S4 method for graphNEL
dce(
graph,
df_expr_wt,
df_expr_mt,
solver = "lm",
solver_args = list(),
adjustment_type = "parents",
effect_type = "total",
p_method = "hmp",
test = "wald",
lib_size = FALSE,
deconfounding = FALSE,
conservative = FALSE,
log_level = logger::INFO
)
# S4 method for matrix
dce(
graph,
df_expr_wt,
df_expr_mt,
solver = "lm",
solver_args = list(),
adjustment_type = "parents",
effect_type = "total",
p_method = "hmp",
test = "wald",
lib_size = FALSE,
deconfounding = FALSE,
conservative = FALSE,
log_level = logger::INFO
)valid object defining a directed acyclic graph
data frame with wild type expression values
data from with mutation type expression values
character with name of solver function
additional arguments for the solver function. please adress this argument, if you use your own solver function. the default argument works with glm functions in the packages MASS, stats and glm2
character string for the method to define the adjustment set Z for the regression
method of computing causal effects
character string. "mean", "sum" for standard summary functions, "hmp" for harmonic mean, "test" for the selfcontained test of package 'CombinePValue' or any method from package 'metap', e.g., "meanp" or "sump".
either "wald" for testing significance with the wald test or "lr" for using a likelihood ratio test. Alternatively, "vcovHC" can improve results for zero-inflated date, i.e., from single cell RNAseq experiments.
either a numeric vector of the same length as the sum of wild type and mutant samples or a logical. If TRUE, it is recommended that both data sets include not only the genes included in the graph but all genes available in the original data set.
indicates whether adjustment against latent confounding is used. If FALSE, no adjustment is used, if TRUE it adjusts for confounding by automatically estimating the number of latent confounders. The estimated number of latent confounders can be chosen manually by setting this variable to some number.
logical; if TRUE, does not use the indicator variable for the variables in the adjustment set
Control verbosity (logger::INFO, logger::DEBUG, ...)
list of matrices with dces and corresponding p-value
dag <- create_random_DAG(30, 0.2)
X.wt <- simulate_data(dag)
dag.mt <- resample_edge_weights(dag)
X.mt <- simulate_data(dag)
dce(dag,X.wt,X.mt)
#> $graph
#> n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11 n12 n13 n14 n15 n16 n17 n18 n19 n20 n21
#> n1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
#> n2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
#> n7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n8 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1
#> n9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0
#> n10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0
#> n11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
#> n13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1
#> n14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
#> n15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
#> n17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
#> n18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
#> n19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n22 n23 n24 n25 n26 n27 n28 n29 n30
#> n1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n2 1 0 1 0 0 0 0 1 0
#> n3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n5 1 0 0 0 0 0 0 1 0
#> n6 0 1 0 0 1 0 0 0 0
#> n7 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n8 1 1 0 0 1 0 0 0 0
#> n9 0 0 0 0 0 0 1 0 0
#> n10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n11 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n12 0 0 0 1 0 1 0 1 0
#> n13 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n14 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n15 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n16 0 0 1 0 0 0 0 0 0
#> n17 0 1 0 0 0 0 1 0 0
#> n18 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n19 0 0 0 1 0 0 0 0 0
#> n20 0 0 0 0 1 0 0 0 0
#> n21 0 0 1 1 0 0 0 0 0
#> n22 0 0 0 0 0 1 1 0 0
#> n23 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n24 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n25 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n26 0 0 0 0 0 0 0 0 1
#> n27 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> n28 0 0 0 0 0 0 0 0 1
#> n29 0 0 0 0 0 0 0 0 1
#> n30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $dce
#> n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11
#> n1 NA -0.005533955 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA 0.1711090 NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.02667937
#> n7 NA NA NA NA NA NA NA 0.2456368 NA -0.008784167 NA
#> n8 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.2413384 NA NA
#> n9 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.07562367
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n13 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 n13 n14 n15 n16 n17
#> n1 NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA 0.004491339 NA NA NA
#> n7 0.09836086 0.01911909 NA NA NA NA
#> n8 0.13515225 NA 0.072996949 NA NA -0.17876388
#> n9 NA NA NA -0.22382571 NA NA
#> n10 NA NA NA 0.04249155 NA -0.18304364
#> n11 NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA 0.117706336 NA -0.31578355 NA
#> n13 NA NA NA NA 0.01299381 -0.01511054
#> n14 NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA
#> n18 n19 n20 n21 n22 n23
#> n1 NA -0.09589305 NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA -0.26233921 NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA 0.02919431 NA
#> n6 NA NA NA NA NA -0.03706897
#> n7 NA NA NA NA NA NA
#> n8 NA NA NA 0.01495956 0.12872407 0.80695256
#> n9 NA NA 0.8272839 NA NA NA
#> n10 NA 0.50896610 NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA
#> n13 0.1082187 NA NA 0.08122685 NA NA
#> n14 0.3640612 NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA -0.48906929 0.5493404 NA NA NA
#> n17 NA NA NA -0.03722746 NA 0.20061383
#> n18 NA NA -0.6893420 NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA
#> n24 n25 n26 n27 n28 n29
#> n1 NA NA NA NA NA NA
#> n2 0.1029146 NA NA NA NA 0.33538593
#> n3 NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA -0.01770254
#> n6 NA NA 0.0236040 NA NA NA
#> n7 NA NA NA NA NA NA
#> n8 NA NA -0.4035538 NA NA NA
#> n9 NA NA NA NA -0.8333316 NA
#> n10 NA NA NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA -0.7504644943 NA 0.2907813 NA 3.15044799
#> n13 NA NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA
#> n16 0.1384568 NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA -0.4307226 NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA 0.0008078723 NA NA NA NA
#> n20 NA NA 0.4945307 NA NA NA
#> n21 -0.2917472 0.4900906539 NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA 0.3222003 -0.4561933 NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA
#> n30
#> n1 NA
#> n2 NA
#> n3 NA
#> n4 NA
#> n5 NA
#> n6 NA
#> n7 NA
#> n8 NA
#> n9 NA
#> n10 NA
#> n11 NA
#> n12 NA
#> n13 NA
#> n14 NA
#> n15 NA
#> n16 NA
#> n17 NA
#> n18 NA
#> n19 NA
#> n20 NA
#> n21 NA
#> n22 NA
#> n23 NA
#> n24 NA
#> n25 NA
#> n26 0.70091365
#> n27 NA
#> n28 0.03346003
#> n29 0.75875039
#> n30 NA
#>
#> $dce_stderr
#> n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11
#> n1 NA 0.01700439 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA 0.07171847 NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.1136636
#> n7 NA NA NA NA NA NA NA 0.08935304 NA 0.02269994 NA
#> n8 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.1226221 NA NA
#> n9 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.3287959
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n13 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 n13 n14 n15 n16 n17 n18
#> n1 NA NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA 0.03863234 NA NA NA NA
#> n7 0.04290373 0.01997409 NA NA NA NA NA
#> n8 0.12157205 NA 0.09957120 NA NA 0.2681802 NA
#> n9 NA NA NA 0.4756089 NA NA NA
#> n10 NA NA NA 0.4853241 NA 0.3910342 NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA 0.12976684 NA 0.1683907 NA NA
#> n13 NA NA NA NA 0.1713645 0.4454245 0.1600875
#> n14 NA NA NA NA NA NA 0.5181311
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 n20 n21 n22 n23 n24 n25
#> n1 0.1233569 NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA 0.69155273 NA 0.4147581 NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA 0.09629988 NA NA NA
#> n6 NA NA NA NA 0.09522934 NA NA
#> n7 NA NA NA NA NA NA NA
#> n8 NA NA 0.15126943 0.53850367 0.79507856 NA NA
#> n9 NA 1.0759087 NA NA NA NA NA
#> n10 0.6023502 NA NA NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA 0.3318678
#> n13 NA NA 0.14798892 NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 0.8769037 0.4118443 NA NA NA 0.4926213 NA
#> n17 NA NA 0.07134177 NA 0.63611720 NA NA
#> n18 NA 0.2728117 NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA 0.1802919
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA 0.6536056 0.4852455
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 n27 n28 n29 n30
#> n1 NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA 1.10774017 NA
#> n3 NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA 0.06124827 NA
#> n6 0.1143774 NA NA NA NA
#> n7 NA NA NA NA NA
#> n8 0.3873885 NA NA NA NA
#> n9 NA NA 1.1760675 NA NA
#> n10 NA NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA
#> n12 NA 0.4374662 NA 1.25741341 NA
#> n13 NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA 0.3164042 NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA
#> n20 0.4082011 NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA
#> n22 NA 0.5692940 1.1577544 NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA 0.6008036
#> n27 NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA 0.5499341
#> n29 NA NA NA NA 1.0449847
#> n30 NA NA NA NA NA
#>
#> $dce_pvalue
#> n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11
#> n1 NA 0.7451932 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA 0.017992331 NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.8146694
#> n7 NA NA NA NA NA NA NA 0.006535317 NA 0.6991991 NA
#> n8 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.05049068 NA NA
#> n9 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.8183327
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n13 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 n13 n14 n15 n16 n17 n18
#> n1 NA NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA NA NA NA NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA NA NA NA NA
#> n6 NA NA 0.9075667 NA NA NA NA
#> n7 0.0229331 0.3396481 NA NA NA NA NA
#> n8 0.2676551 NA 0.4643836 NA NA 0.5058399 NA
#> n9 NA NA NA 0.6384488 NA NA NA
#> n10 NA NA NA 0.9303223 NA 0.6402376 NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA 0.3655119 NA 0.06226917 NA NA
#> n13 NA NA NA NA 0.93963600 0.9729727 0.4998474
#> n14 NA NA NA NA NA NA 0.4831382
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA NA NA NA NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA NA
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA NA NA
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA
#> n19 n20 n21 n22 n23 n24 n25
#> n1 0.4378820 NA NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA 0.7048443 NA 0.8042951 NA
#> n3 NA NA NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA 0.7620891 NA NA NA
#> n6 NA NA NA NA 0.6975064 NA NA
#> n7 NA NA NA NA NA NA NA
#> n8 NA NA 0.9213260 0.8113293 0.3114144 NA NA
#> n9 NA 0.44287801 NA NA NA NA NA
#> n10 0.3991700 NA NA NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA NA NA
#> n12 NA NA NA NA NA NA 0.02485974
#> n13 NA NA 0.5837250 NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA NA NA
#> n16 0.5776833 0.18383159 NA NA NA 0.7789660 NA
#> n17 NA NA 0.6024044 NA 0.7528250 NA NA
#> n18 NA 0.01231747 NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA NA 0.99642946
#> n20 NA NA NA NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA 0.6558414 0.31378699
#> n22 NA NA NA NA NA NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA NA NA NA
#> n27 NA NA NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA NA NA NA
#> n29 NA NA NA NA NA NA NA
#> n30 NA NA NA NA NA NA NA
#> n26 n27 n28 n29 n30
#> n1 NA NA NA NA NA
#> n2 NA NA NA 0.76239268 NA
#> n3 NA NA NA NA NA
#> n4 NA NA NA NA NA
#> n5 NA NA NA 0.77286447 NA
#> n6 0.8367166 NA NA NA NA
#> n7 NA NA NA NA NA
#> n8 0.2988473 NA NA NA NA
#> n9 NA NA 0.4794390 NA NA
#> n10 NA NA NA NA NA
#> n11 NA NA NA NA NA
#> n12 NA 0.5070436 NA 0.01305927 NA
#> n13 NA NA NA NA NA
#> n14 NA NA NA NA NA
#> n15 NA NA NA NA NA
#> n16 NA NA NA NA NA
#> n17 NA NA 0.1750295 NA NA
#> n18 NA NA NA NA NA
#> n19 NA NA NA NA NA
#> n20 0.2272130 NA NA NA NA
#> n21 NA NA NA NA NA
#> n22 NA 0.5720856 0.6939986 NA NA
#> n23 NA NA NA NA NA
#> n24 NA NA NA NA NA
#> n25 NA NA NA NA NA
#> n26 NA NA NA NA 0.2448233
#> n27 NA NA NA NA NA
#> n28 NA NA NA NA 0.9515476
#> n29 NA NA NA NA 0.4686786
#> n30 NA NA NA NA NA
#>
#> $pathway_pvalue
#> [1] 0.1991136
#>
#> $deconfounding
#> [1] FALSE
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "dce"